Przetarg 12463093 - Wykonanie usługi izolacji DNA, a następnie przeprowadzenie...

jący w momencie ogłaszania oferty deklaruje przesłanie minimalnej ilości prób do sekwencjonowania w liczbie 120 prób. Masa każdej przesłanej do analiz prób będzie wynosiła
2-5gr.
1) Zakres zamówienia obejmuje:
Izolacja DNA z dostarczonych prób. Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona
z wykorzystaniem zestawów przeznaczonych do izolacji DNA z prób środowiskowych, zapewniających uzyskanie DNA o wysokiej czystości, nawet dla prób trudnych charakteryzujących się dużą ilością frakcji pylastych, np. DNeasy PowerSoil Pro Kit.
Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS z amplikonów pochodzących z trzech niezależnych reakcji PCR dla każdej dostarczonej matrycy (360 reakcji PCR).
Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer 2100 oraz Qubit.
Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania - metabarkodingu długich fragmentów (ITS1-5.8S-ITS2) przygotowanych 120 bibliotek z wykorzystaniem technologii PacBio Sequel II oraz starterów ITS9munngs ITS4ngsUni. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu wynosi 20 000.
Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane-rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit) do poziomu gatunku, wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE)
2) Wymagane jest, aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików .fastq, .fna, .txt, .bion, .xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
3) Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, w terminie co najmniej 40 dni przed terminem realizacji usługi na koszt Wykonawcy.